上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰 .）_@终于意识.;$到自己的能力和使命，中 弹复活后#!，变成了]无所不能的“救世主”，他和女友崔妮^%蒂;]*_-（凯莉·-安·摩丝 饰），!=舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回?*到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。　　$此时，“母体+”决定先 /^下手 为强:;，派出了两万五千只电/\子乌贼攻击锡安,基^地；墨菲斯)!:.、尼奥和崔妮蒂则再次\\,进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内_@ 部破坏；而本该被尼奥消灭的特^=+勤史密斯?-似乎出了 )点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。